Osoba, która zamierza rozpocząć działalność gospodarczą na własny rachunek w Estonii musi posiadać pozwolenie na pobyt i pozwolenie na pracę. Od 1 maja 2004 roku wszystkie kwestie związane ze zdobywaniem pozwoleń na pobyt i pracę w Estonii uregulowane są w Ustawie o Obywatelu Unii Europejskiej. Ponieważ Estonia obawiała się zalewania swojego rynku pracy siłą roboczą z zewnątrz wprowadziła pewne ograniczenia w wydawaniu pozwoleń na pracę. Ograniczenie te wynosi 0,05% stałych mieszkańców tego kraju. W 2004 roku limit ten wyniósł 672 osoby, i powyżej tej liczby przestano wydawać pozwolenia. Pobyt, który wyniesie mniej niż 90 dni nie wymaga legalizacji, jednak w dniu przekroczenia tego terminu należy wystąpić o pozwolenie na pobyt. Pozwolenie na pobyt jest wydawane na okres pięciu lat, po tym okresie następuje jego automatyczne przedłużenie. Obywatel Unii Europejskiej, który stara się o pracę i uzyskał pozwolenie na pobyt, musi następnie zarejestrować się w urzędzie pracy. Pozwolenia są wydawane w Estońskim Urzędzie ds. Obywatelstwa i Migracji.